三林院区主要包括「门诊楼」及「住院部」，具体如下：

门诊楼：

1楼： 医纠办、挂号/收费、普通诊室、专家诊室、药物咨询、内科、处置室、抢救室、残疾评定、门诊药房、住院药房、药库

2楼：中医诊室、挂号/收费、专家诊室、特需诊室、临床心理科、心理评估中心、心理援助热线、交通行为、心理与安全实验室、心理健康人工智能研究中心、树洞救援上海中心

3楼：科教科、图书阅览室、教学实训室、社工部兼对外合作部、心理测量室、检验科、转化精神医学研究中心、GCP办公室

4楼： 四病区

5楼：七病区

6楼：信息科、医务科、医保办、质控办、公共精神卫生科、护理部、人事科、院感科、爱心妈咪小屋、食堂

7楼：办公室、会议室、财务科

住院部：

2楼：一病区

3楼：二病区

4楼：五病区

5楼：三病区

6楼：心理科病区